通风柜如何能提供好的保护能力，其最主要因素还在于使用人员的正确操作。正确的操作及工作方式，将可以大幅降低污染物外泄之可能性，延长通风使用寿命。

实验室通风与舒适性空调系统的通风设计要求不同，主要目的是提供绝对安全的工作环境，减少人员暴露在危险空气下的可能。通风主要解决的是工作环境对实验人员的身体健康和劳动保护问题。

当通风柜内开始产生污染物质时，操作人员必须慢慢地接近或离开通风柜，因为快速的移动将会造成靠近通风柜前开口处的气流发生扰动，而带出柜内之污染物质；

实验室通风柜要求新风全部来自室外，然后100%排出，通风柜的排气不在室内循环。化学实验室换气 要求每小时大于10次，物理实验室每小时大于8次，实验室无人时换气可减少为3-5次。实验室通风柜设计数量要充足，并且不作为唯一的室内排风装置，仪器室或产生危险物质的仪器上方必须设置局部排风系统-排风罩。

实验室的补风一部分来自空调系统直接送入实验室的新风，这部分新风根据实验室排风量的变化而变化；另一部分通过空调系统送入非实验室区域的走道、房间再通过实验室的门窗补给。实验室的负压通过送、排风风量和送排风口的布置来实现，气流组织从办公、管理用房、内走道、到产生危险物质的实验房间。通风柜的位置布置在远离空气流动、紊流大的地方，远离行走区域和空气新风区。新风从远离通风柜的一端引入，空气流动路径必须远离通风柜。